В данных режимах достигается оптимальное значение контраста и яркости, что исключает необходимость устанавливать их вручную.

МС_Скан позволяет осуществлять измерение от точки до точки изображения. В данном случае происходит отображение линии отрезка на изображения от начального зафиксированного положении до произволного конечного. В этом режиме автоматически открывается окно с отображаемым профилем. Ширина окна автоматически меняется при изменении длины отрезка. В служебной строке и на самом изображении отображается замеренная дистанция в микронах. Длина определеяется корректно если данное увеличение предварительно было откалибровано оператором. При сохранении изображения на диск будет сохранена вся информация, содержащаяся в изображении (дистанционная метка и проекция измеренного профиля).

В МС_Скан заложены инструменты математической обработки изображений, как в ходе растрирования (на лету), так уже сохраненных. Обрабокта на лету осущетвляется при режимах 512х512 и 1024х1024 точек.
Иструмент Image Processing содержит в себе ряд математических линейных и нелинейных фильтров. Это отдельное перемещаемое окно с предосмотром. Все функции могут применяться как ко всему изображению, так и к его части (Region Of Interests ROI). Область ROI легко перемещаема по изображению. В итоге можно получить живое изображение обработанное тем или иным фильтром без сохранения его на диск. При сохранении текущего изображения на диск в нем сохрянятся все изменения внесенные тем или иным фильтром.
В данной версии МС_Скан реализованиы следующие Image Processing функции:
- AddS - добавление постоянной составляющей к изображению. Данная функция осуществляет добавление постоянного значения к пикселам изображения в диапазоне от 0 до 255.
- SubS - вычитание постоянной составляющей из изображения. Данная функция осуществляет вычитание к-л постоянного значения из пикселов (или значения пиксела из к-л постоянной составляющей) изображения в диапазоне от 0 до 255.
- XorS - операция XOR над битами изображения.
- Not - операция инверсии изображения.
- Threshold - пороговое преобразование.
- Log Extension - логарифмическая яркость.
- Exponent - экспоненциальная яркость.
- Intensification - изменение пороговой интенсивности изображения.
- OrS - логическая операция ИЛИ над битами изображения.
- Erode Filters - фильтры с эффектом эрозии.
- Dilate - Dilation Effect.
- Opening Filter - Open Filter.
- Closing Filter - Close Filter.
- Blur Filters - фильтры с эффектом размытия (низкочастотные фильтры) с изменяемым значением апертуры и центра маски.
- Median Filters - медианные фильтры с изменяемым значением апертуры и центра маски.
- Embossing - эффекты тиснения (North, South, West, East, Medium, Light, Etching).
- High Frequency Filters - набор высокочастотных фильтров (Sharp, Sharpen More, Sharpen Less, HiPass3x3, HiPass5x5).
- Gaussian Filter - фильтр размытия по Гауссу (Gaussian3x3, Gaussian5x5).
- Fourier Transformation (Forward & Backward) - прямое и обратное Фурье преобразование.
- Equalization Hystogram - эквализация гистограммы изображения.
- Left Shifting - битовые сдвиги влево.
- Right Shifting - битовые сдвиги вправо.
- Square Intensification - квадратичная инетенсификация.
- Laplacian Operators - операторы Лапласа (Laplacian3x3, Laplacian5x5, Laplacian HV, Laplacian Om, Edges Strong, Edges Weak).
- Averaging - операция усреднения.
- Multiplication - умножение элементов изображения на константу.
- Scale Multiplication - умножение элементов изображения на константу с нормировкой результата.
- Prewitt Filters - фильтры Превитта (Prewitt V, Prewitt H).
- Sobel Filters- фильтры Собела (Sobel V, Sobel H).
- Highlight Filters - набор осветляющих фильтров.
- Hyperbolization - гиперболизация гистограммы.
- Convolve Filters - фильтры с произвольной апертурой. Апертура может быть размером 3х3, 5х5, 7х7. В специализированном сеточном редакторе заложена возможность создавать свои маски фильтров и потом их сохранять под произвольными именами. В дальнейшем достаточно загрузить выбранный фильтр и он немедленно начнет обрабтку изображения.

Многооконный интерфейс поволяет производить Image Processing с множеством изображений разом. Каждое Image Procerssing окно обладает независимым набором функций и опереаторов обработки изображений. В данном режиме работы возможно многократная обработка (любыми операторами из набора) изображений или фрагмента изображения. Обработанное изображение можно так же сохранить на диск.

МС_Скан позволяет осуществлять вывод живого (обновляемого) и сохраненного изображеният в 3D представлении. 3D - изображение можно вращать по нескольким осям, увеличивать или уменьшать амплитуду профильности, менять масштаб, выводить изображения в виде линий, точек, пространственных треугольников и четырехугольников, производить поточечную интерполяцию, использовать эффект прожектора. Полученные 3D изображения можно сохранить в стандартные графические файлы.

МС_Скан позволяет преобразовывать файлы формата DXF (Autocad) в файлы литографического формата (LIT-файлы), так же осуществлять редактирование загруженных DXF или LIT файлов.

LIT файлы (внутренний формат МС_Скан) содержат в себе помимо координатной технологическую информацию о дозе облучения. Доза в данном случае обратно пропорциональна скорости перемещения луча при заданном токе пучка. Встроенный редактор позволяет масштабировать, поворачивать, изменять информацию о дозе как на отдельном участке трассы, так и не группе участков, вводить прямоугольные примитивы с заданным числом обходов лучом, производить симуляцию процесса рисования. Литографическая информация загружается во внешний Scan Generator и происходит уже независимо от основного РС. Высокие скорости перемещения луча (33 нс на элемент трассы) позволяет достигать малых доз облучния (малых экспозиций). Так же возможна отрисовка трассы по растрововму изображению, только что полученному с микроскопа.