Конструктивно блоки управления системы должны устанавливаться в стенд микроскопа вместо имеющейся на ПЭМ старой электроники. Блоки подключаются к микроскопу с помощью кабелей,имеющихся в микроскопе , а также вновь изготовленных. Вместо старых органов управления устанавливаются только два пульта управления, предназначеных для регулировки основных параметров микроскопа (увеличения, яркости ,фокуса, токов отклоняющих катушек и катушек стигматоров). Связь блоков управления с компьютером осуществляется через PLC - платы с использованием PCI и ISA шин, а также порта RS232.
Программное обеспечение поставляется в виде копии, записанной на диск.
Функции программного обеспечения:

включение микроскопа и загрузка запрограммированных режимов;

юстировочные режимы( юстировка колонны, юстировка пушки, юстировка наклона осветителя);

рабочие режимы ( ПЭМ- светлое поле, ПЭМ - темное поле, микродифракция);

управление вакуумной системой в автоматическом и ручном режимах;

выключение микроскопа с запоминанием режима работы.